A decisão da Segunda Turma foi tomada a partir da análise de um recurso da defesa do parlamentar.

Relator do caso, o ministro Edson Fachin votou por manter o arquivamento da ação dos advogados de Cunha, por questões processuais.

Fachin entendeu que o tipo de ação usada – a reclamação – não era cabível, e disse não ver constrangimento ilegal ao ex-presidente da Câmara. O ministro Nunes Marques acompanhou o relator.

"Na linha dos atos relatados, é possível afirmar que partiu do próprio Supremo Tribunal Federal, na pessoa do ministro Teori Zavascki, a determinação para o encaminhamento dos autos ao juízo da 13a Vara Federal de Curitiba para a continuidade do processamento da ação penal deflagrada apesar de haver imputação pela possível pratica de delito da competência da Justiça Eleitoral", ponderou.

O ministro Ricardo Lewandowski divergiu e considerou que os atos da Justiça Federal feriram as regras de competência previstas na legislação processual penal. Foi acompanhado pelo ministro Gilmar Mendes.

Com o empate, prevaleceu o entendimento de que deve ser aplicado o princípio que deve ser favorecido o réu.

O caso começou a tramitar quando Cunha ainda era deputado federal, em um desdobramento das investigações da Operação Lava Jato.

Em junho de 2016, o Supremo recebeu a denúncia contra Cunha, a partir de um inquérito aberto no âmbito da Corte em 2015. O então deputado foi acusado da suposta prática de corrupção passiva, lavagem de dinheiro, evasão de divisas e falsidade ideológica para fins eleitorais (conhecido como caixa 2).

Segundo o Ministério Público, ele teria recebido propina por conta de um contrato de exploração de Petróleo no Benin, na África. Além disso, teria usado contas na Suíça para lavar o dinheiro.

Em setembro do mesmo ano, o então ministro Teori Zavascki, relator do processo, determinou o envio do caso à Justiça Federal em Curitiba, depois da decisão da Câmara dos Deputados de cassar o mandato parlamentar de Cunha.

Em março de 2017, já com a ação sendo processada na Justiça Federal de Curitiba, o então juiz Sérgio Moro condenou o ex-parlamentar a 15 anos e 4 meses de reclusão. Em novembro do mesmo ano, o Tribunal Regional Federal da 4ª Região (TRF4) manteve a condenação mas diminuiu a pena para 14 anos e 6 meses de reclusão. Cunha tem outras duas condenações, uma na primeira instância da Justiça Federal do Paraná e outra na primeira instância da Justiça Federal do Distrito Federal.

Para a defesa, a 13ª Vara Federal de Curitiba "manipulou a competência processual do caso para mantê-lo na Justiça Federal, violando-se o devido processo legal e o juiz natural", ao excluir a acusação relativa ao crime eleitoral.

Isso foi feito, segundo os advogados, a partir de uma série de atos processuais nulos. Entre eles: